Woods Hole Oceanographic Institution
En la actualidad, funcionan en el puerto de Woods Hole, además de la WHOI, la Asociación de Educación del Mar (Sea Education Association, SEA), que cuenta con dos barcos, la goleta R/V(Research Vessel) Westward y el bergantín R/V Corwith Cramer, en los cuales son embarcados los alumnos que participan del programa de la SEA realizando navegaciones por el Atlántico Norte hasta el Mar de las Antillas.
El Centro de Ciencias de la Pesca del Noreste (The Northeastern Fisheries Science Center, NEFSC), que pertenece al Servicio Nacional de Pesca Marina (The National Marine Fisheries Service, NMFS), posee dos grandes buques de investigación, el R/V Delaware II y el R/V Delaware II. Estos buques tienen como rol primario "obtener información sobre la situación de las reservas de peces de explotación comercial en el Noreste del Atlántico".
Por su parte, la Woods Hole Oceanographic Institution, que utiliza como logo que la identifica la silueta del Atlantis, posee una flota compuesta por tres grandes buques con capacidad de navegación oceánica para realizar investigaciones de las ciencias del mar, el R/V Knorr, el R/V Oceanus, a los cuales se sumó en 1997 el nuevo R/V Atlantis, propulsado por una planta diesel-eléctrica que sirve de plataforma DSV (Deep Submersible Vehicle) Alvin. y del cual se espera que continúe en servicio hasta el año 2030, fecha del 100 aniversario de la institución.
Entre el actual Atlantis y el Atlantis original de 1930 (actual Dr. Bernardo Houssay), existió el Atlantis II, un vapor al que se le modificó instalándole un motor diesel y que estuvo operativo entre 1963 y 1996, tiempo durante el cual llegó a navegar más de un millón de millas náuticas.
La WHOI posee también buques para trabajos costeros, el R/V Asteria y el R/V Mytilus, de menor autonomía, así como una pequeña flota de embarcaciones menores, además de destacarse en el desarrollo de vehículos operados a control remoto (ROV, remote operated vehicles), "que navegan en inmersión conectados únicamente por un cable umbilical con la unidad de superficie... Siendo un ejemplo el ROV Jason, que cuenta con instrumental para realizar exploraciones de arqueología marina a gran profundidad y que es operado por el Centro de Exploración Marina (Center for Marine Exploration) de la WHOI".
La tecnología más actual en ese campo de la ciencia es el Autonomous Underwater Vehicle (AUV), cuyo proyecto es dirigido por el Centro de Exploración Marina.